L'IUFM de Franche-Comté est une école interne de l'Université de Franche Comté depuis janvier 2008.

A ce titre, il participe pleinement de la politique de recherche de l'Université et remplit les missions de recherche et de formation à/par la recherche aux métiers de l'éducation et de la formation. En ce sens, il est habilité à délivrer le diplôme de Master " Métiers de l'Enseignement, de l'Education et de la Formation " depuis juin 2010.

En l'absence de structure reconnue ès qualité en Sciences de l'Education, la politique de recherche de l'IUFM de Franche-Comté s'appuie sur les différents laboratoires déjà habilités et sur des ressources en personnel des différentes composantes de l'Etablissement. Les enseignants-chercheurs de l'IUFM sont rattachés à différents laboratoires universitaires, organisant ainsi un partenariat fort entre les différentes disciplines concernées par la recherche en éducation et formation.

Les manifestations scientifiques proposées concernent essentiellement les questions de recherche en éducation et formation et font l'objet d'un soutien fort de la composante et du Conseil Scientifique de l'UFC.